Le Théâtre du Jura est doté de trois salles, de trois foyers, de loges de différentes tailles, de deux bars, d’un espace de travail et de salles de réunion. La Grande peut accueillir 435 personnes assises et, grâce à son gradin rétractables, 850 personnes pour des concerts de musiques actuelles debout. Elle a également une fosse pour orchestre, de quoi se régaler aussi en musique classique. La Cadette est une salle polyvalente : modulable, elle est, outre les représentations de spectacles, à disposition pour des apéritifs, des réceptions, des conférences, ou des réunions. Elle peut accueillir une centaine de spectateur-trices. La Germain, est, elle, une salle de répétition et de création pour les artistes.